Magazyn sklepu nie jest w żaden sposób powiązany z magazynem systemu Base.com.
Base.com może synchronizować stany i ceny w ofertach marketplace zgodnie z magazynem sklepu, natomiast nie synchronizuje danych pomiędzy różnymi magazynami. Nie jest też możliwe dodawanie produktów do magazynu sklepu z poziomu panelu Base.com.